Րաֆֆի Հովհաննիսյանի ոչ բոլոր քաղաքական քայլերն են գոհունակությամբ ընդունել ԱՄՆ դիվանագետները: Երբ Հովհաննիսյանն անդրադառնում է արտաքին քաղաքականությանը, նրա մոտեցումները, կարծես, հակադրվում են ԱՄՆ-ի կամ Արեւմուտքի կողմից աջակցվող նպատակներին: Օրինակ՝ Հովհաննիսյանը խորհրդարան ներկայացրեց Լեռնային Ղարաբաղի անկախության ճանաչման մասին օրինագիծ: «Քիչ հավանական է, որ այս նախաձեռնությունն ուժի մեջ կմտնի կամ կստորագրվի նախագահի կողմից, բայց նպաստում է հմուտ քաղաքականության իրականացմանը: Այս հանրահաճո քայլը կստիպի կառավարությանը եւ կառավարող կուսակցությանը հետաձգել տվյալ նախաձեռնության քննարկումը, որը մեծ ճանաչում կվայելի միջին հայաստանցիների շրջանում, եթե ուժի մեջ մտնի», - գրում է Փերինան՝ հավելելով. «Իհարկե, այս քայլը ծայրահեղ անօգուտ կլինի Մինսկի խմբի շրջանակում ընթացող բանակցությունների եւ հակամարտության լուծմանն ուղղված ջանքերի գործադրման դիտանկյունից»:
Երբ Թուրքիան եւ Ռուսաստանը սկսեցին փորձեր ձեռնարկել Հայաստանի եւ Ադրբեջանի միջեւ խաղաղության հաստատման ուղղությամբ, Հայաստանում ԱՄՆ-ի արտակարգ եւ լիազոր դեսպան Մարի Յովանովիչը 2008թ. նոյեմբերի 17-ին ուղարկում է հեռագիր և ընդհանուր գծերով ներկայացնում է Հայաստանի պաշտոնական եւ հանրային ընկալումները: Դեսպանն ուշադրության է հրավիրում Հովհաննիսյանի դիրքորոշման վրա. «Նա ընդգծեց, որ «ցեղասպանության» ճանաչումը գլխավոր առաջնահերթություն է եւ ակնարկեց այլ միջավայրերում եւս արծարծվող մի տեսակետ, համաձայն որի՝ Հայաստանը չպետք է վճռական քայլերի դիմի Թուրքիային կամ Լեռնային Ղարաբաղին առնչվող հարցերում մինչեւ ԱՄՆ-ի նոր վարչակազմի իշխանության գալը»: Հովհաննիսյանն այլ գործիչների հետ մեկտեղ հույս ունի, որ Օբամայի վարչակազմը «կբացի նոր դարաշրջան» ԱՄՆ-Հայաստան հարաբերություններում՝ սկսած Հայոց ցեղասպանության ճանաչումից, վերջացրած Լեռնային Ղարաբաղի հարցում ԱՄՆ-ի դիրքորոշման փոփոխությամբ: Յովանովիչը բնութագրում է այս մոտեցումն իբրեւ «մտահոգիչ», քանզի համարում է, որ կարող է խափանել «տարածաշրջանային իրողությունների բարելավմանն ուղղված հիմնական առաջընթացը»: